三輪山をご神体とし、本殿を造らずに拝殿から山を拝する古代の神祀り形式を残した神社として知られています。祭神の大物主大神（おおものぬしのおおかみ）は、国づくりに迷っていた大国主神（おおくにぬしのかみ）の前に現れた神様です。

　多くのオリジナルお守りがある神社ですが、『子持勾玉守』は、三輪山麓から出土した子持勾玉を模して天然石で彫刻されたお守りで、普通の勾玉と異なり、親勾玉と子勾玉が一体化した不思議な形から、「多産増幅（福）」「健康長寿」の意味を持ちます。

　また、『知恵ふくろう守』は、久延彦神社のみで授与されるお守りです。祭神の久延毘古命（くえびこのみこと）は案山子（かかし）の神様で、大国主神が国造りの際、誰も知らなかった少彦名命（すくなひこなのみこと）の神名を知っていた智恵の神様です。日本神話ではワンポイントで重要な役目を果たしますが、あまり祀られている神社はなく、珍しい神様でもあります。ふくろうは知恵のある動物で神使いとして大切にされており、このお守りも入試合格や各種試験合格のご利益があります。

　また目新しいところでは、ＥＭ菌（有用微生物群）を粘土に練り込み、１３００度の高温で焼成しセラミック化した、腕輪型のお守り『福寿の玉　腕輪守』もあります。ＥＭ菌は常に身に付けておくことで体内の浄化が促進されるといわれており、科学の力と神様のご加護の二重の効果があります。